La gestión de embalses se define mediante los volúmenes de gestión diseñados para simges u optiges (según el modelo de cálculo escogido en aquatool). Y se puede ampliar con la definición de un “embalse muerto” y una “capacidad”. Los costes para la función objetivo de cada tramo se definen como sigue:
| Nombre | Valor por defecto | Descripción |
| KEMB1 | -20 000 | Embalse muerto |
| KEMB2MINKEMB5P | -15 000+5*pri | Embalse mínimo |
| KEMB3MAX KEMB6N KEMB5P | -700 -200*niv -5*pri | Volúmenes de gestión (solo para los arcos finales de la optimización) |
| -20*nivel -prioridad | Volúmenes de gestión solo para los arcos intermedios de la optimización. | |
| KEMB9VM | 2000 | Penalización de almacenamiento en embalse por encima del volumen máximo de gestión hasta su capacidad. |
La diferencia entre el embalse mínimo y el embalse muerto se entiende como un mínimo de gestión que podría utilizarse para fines ambientales y un volumen de embalse por debajo de la cota de toma que no es accesible en ningún modo.
El volumen de embalse por encima del “máximo de gestión” hasta la “capacidad” se entiende como el resguardo para control de crecidas, que solo debiera usarse en tales circunstancias (ver “control de crecidas en tramos de río”).
También está previsto la configuración de una capacidad máxima de ¿vertido? por aliviaderos controlados por compuertas. Se analizará resolverlo mediante los elementos tipo toma en embalse.